tbtools命令,tbtools怎么安装插件

今天给各位分享tbtools命令的知识，其中也会对tbtools怎么安装插件进行解释，如果能碰巧解决你现在面临的问题，别忘了关注本站，现在开始吧！

本文目录一览：

• 1、RNA-seq从入门到自闭(Kallisto和Salmon)
• 2、orthofinder
• 3、物种内的共线性分析
• 4、tbtools如何设置字体格式
• 5、TBtools软件如何导出矢量图
• 6、重新认识TBtools,减少你的生信分析烦恼(20190422)

RNA-seq从入门到自闭(Kallisto和Salmon)

定量之后只需要一个for语句循环就能完成RNA-seq的定量 salmon的逻辑跟kallisto是一样的，都是先建立index再定量。

根据所使用的文库制备方法，RNA序列（也称为读序列或标签）将从转录本的3端（或5端）（10X Genomics， cell -seq2， Drop-seq， inDrops）或全长转录本（Smart-seq）中获得。针对感兴趣的生物学问题选择不同的方法。

值得一提的是，作者自己也提到了，由于篇幅的限制，作者有些RNA-Seq的技术并没有提到，包括非编码RNA的转录组、原核生物的转录组、表观转录组（如RNA修饰）等。

这是RNA-Seq 上游分析的大致流程，比对+定量。

orthofinder

直系同源基因分析常见两个软件： Orthofinder 和 OrthoMCL ，本系列教程使用Orthofinder-（嘿，主要是这个软件安装和运行的十分简单）。软件安装是相对比较简单。

正式运行Orthofinder，相当简单的操作， -f 输入目录，里面包含你需要运行的蛋白质fasta文件， -t 所用到的CPU数目。基本的用法就如下，更多的可以去manual中查看。

标准OrthoFinder运行会生成一组文件，这些文件描述了直系同源群，直系同源，基因树，解析基因树，有根物种树，基因复制事件以及所分析物种集的比较基因组统计数据。

这里使用 OrthoFinder寻找同源基因并建树 ，得到直系单拷贝同源基因和物种系统发育树结果。目前我们有了选择压力分析所必须的文件：选择压力分析使用的是Paml中的codeml软件包。

物种内的共线性分析

1、揭秘物种内的共线性：从原理到可视化 共线性，这个生物学概念如同基因版图上的秘密坐标，描绘着同源基因在物种内部的分布与排列。

2、共线性分析是比较基因组中必不可少的分析策略，因为它允许分析物种间大尺度和小尺度的分子进化事件。

3、共线性是指自变量之间存在一定程度的线性相关，会给变量对模型的贡献性带来影响。即若有两个变量存在共线性，在相互作用计算后，其一的变量的影响会相对减弱，而另一个变量的作用却会相对增强。

4、简单一些的，直接去找MCScanX这个软件，按照软件说明，使用基因组的蛋白序列进行blastp比对，比完之后直接作为这个软件的输入文件运行分析，这个软件也提供了一些后续分析手段。

5、共线性或同线性是一种令个惊奇的现象，拟南芥（双子叶植物）和水稻（单子叶植物）是由 2 亿年前的共同祖先分枝进化而来的，但两个物种仍可检测到尽管比较低的共线性。

tbtools如何设置字体格式

1、导出、选择格式。具体的操作方法为：tbtools在导出文件的时候，选择导出文件格式，然后选择tiff格式图片就可以了。

2、也就是，Ctrl键和减号键。当然用户点击或选取某个JIGSubPanel，也就是面板，只要使用这个组合键，就可以逐步缩小面板的所有元素，这个包括字体。与 减号 组合键效果相反，用于放大选中的JIGSubPanel。

3、首先打开软件界面，选择BLAST→BLAST GUI Wrapper→Blast Zone 会出现如下界面 直接将需要BLAST的序列粘贴到input文本框中，选择好输出文件的格式、文件名和位置点击start就可以开始了（超短序列需要选择short mode）。

4、在菜单中选择“文件”－“存储”在对话框里选择要保存的格式。直接用键盘按Ctrl＋s弹出保存对话框就可以保存。

TBtools软件如何导出矢量图

1、导出、选择格式。具体的操作方法为：tbtools在导出文件的时候，选择导出文件格式，然后选择tiff格式图片就可以了。

2、矢量图怎么导出：首先打开自己的cad软件，然后打开图纸文件。之后点击左上角的“菜单”选择文件，再点击“输出”。在出现的窗口中设置一下存储路径，然后对文件命名，在文件类型下面选择“图元文件”。

3、今天给大家介绍一下如何在PS软件中设置导出矢量图的具体操作步骤。如图，在PS软件中，编辑好图片后，点击左上方的文件菜单。在打开的菜单中，选择导出选项。

4、AI打开图片，然后选中图片。刚导入图片后，放到是可以看到像素的。选中图片后点击图像描摹中的高保真度照片。点击图像描摹中的高保真度照片后，图片就转换为矢量图了。

5、首先打开电脑，打开我们的软件CorelDRAW X4 2把图片导入软件 3用挑选工具选中小熊，会看到菜单栏第三排出现描摹位图的图标，点开有三个选项，点第一个，快速描摹，会出现一个矢量的小熊，现在就可以任意修改了4。

重新认识TBtools,减少你的生信分析烦恼(20190422)

TBtools对外开放两年多，不时会有熟悉的不熟悉的人与我聊到TBtools。TBtools在每个人的认知上，或许都不一样。 有的人觉得TBtools就是 耽误了他们所谓的生物信息学习 。 有的人说，TBtools 保了他们毕业 。

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